Bereits 1930 lässt Wilhelm Frick, erster NSDAP-Minister in einer bürgerlichen Regierung und später Reichsinnenminister, Werke von Barlach, Lehmbruck und Marcks aus dem Weimarer Schlossmuseum entfernen. 1933 wird Marcks als Direktor der Kunstgewerbeschule Burg Giebichenstein bei Halle entlassen, vermutlich aufgrund seiner vorhergehenden Tätigkeit am Bauhaus und seiner Fürsprache für jüdische Mitarbeiter.

Obwohl er außerhalb der nationalsozialistischen Kulturpolitik steht, kann er als klassischer Bildhauer sein Werk fortführen. Jedoch hat er wenig Ausstellungs- und Verkaufsmöglichkeiten. Aufgeschlossene Museumsleiter bemühen sich, ihm Aufträge zu vermitteln. 1937 wird er sogar mit dem Villa Massimo Preis geehrt und zum Mitglied der „Preußischen Akademie der Künste“ ernannt. Nur wenige Tage später wird seine Mitgliedschaft wieder zurückgezogen, da Arbeiten von ihm in der Ausstellung „Entartete Kunst“ gezeigt werden.